إن اكتشاف موقع من العصر البرونزي في جزيرة أم النار القريبة من مدينة أبو ظبي وأعمال التنقيب في مواقع أثرية أخرى تقع في المنطقة الشرقية من إمارة أبو ظبي، قبل ما يقرب من خمسة عقود، جعلت المغفور له بإذن الله تعالى الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان حاكم أبو ظبي آنذاك أن يقوم بتأسيس متحف العين الوطني . والمغفور له الشيخ زايد الذي كان يقول بان من ليس له ماضٍ لا حاضر له ولا مستقبل، أصبح رئيساً لدولة الإمارات العربية المتحدة بعد تأسيسها عام 1971م.
ومن ضمن الخطوات العديدة التي اتخذها المغفور له فور تسلمه حكم إمارة أبو ظبي في عام 1966 هي ضرورة المحافظة على التراث وحمايته من الاندثار، خاصة وانه كان يخطط لتأسيس الدولة الحديثة وبنائها. ومتحف العين الوطني هو أول متحف يؤسس في الدولة وكان ذلك في عام 1969م، وقد قام بافتتاحه نيابية عن رئيس الدولة سمو الشيخ طحنون بن محمد آل نهيان ممثل الحاكم في المنطقة الشرقية في عام 1971م. وحين افتتاحه كان المتحف يتكون من قاعتين فقط، وقد أضيفت إليه قاعتين أخريين فيما بعد. وهذا المتحف هو من أهم أقسام إدارة الآثار و السياحة التابعة إلى ديوان ممثل الحاكم في المنطقة الشرقية، وهذه الإدارة مسئولة عن إدارته وتطوير معروضاته حيث يقوم المنقبين عن الآثار برفده بمكتشفات أثرية ذات قيمة علمية.